生物工程專業(yè)是工科專業(yè)，以培養(yǎng)工程應(yīng)用、產(chǎn)業(yè)化人才為主。授予工學(xué)學(xué)士。通過各種教育教學(xué)活動培養(yǎng)德、智、體、美全面發(fā)展，具有健全的人格、正確的世界觀、人生觀和價值觀，具備良好的人文社科基礎(chǔ)知識和人文修養(yǎng)。具備生物學(xué)與工程學(xué)基本知識、掌握生物產(chǎn)品大規(guī)模制造的科學(xué)原理，熟悉生物加工過程流程與工程設(shè)計等基礎(chǔ)理論和技能，能在生物工程領(lǐng)域從事設(shè)計、生產(chǎn)、管理和新技術(shù)研究、新產(chǎn)品開發(fā)的高素質(zhì)專門人才。

合肥工業(yè)大學(xué)生物工程專業(yè)設(shè)立于1998年，1999年正式招生。目前專業(yè)所在學(xué)院現(xiàn)有實驗室和科研基地總面積約15000平方米，儀器設(shè)備價值近8000萬元。建有農(nóng)產(chǎn)品生物化工教育部工程研究中心、安徽省農(nóng)產(chǎn)品精深加工重點實驗室等省部級科研平臺12個。本專業(yè)依托的“食品科學(xué)與工程”學(xué)科處于國內(nèi)同類學(xué)科的先進行列，是國家“211”工程重點建設(shè)學(xué)科，設(shè)有一級學(xué)科博士點及博士后科研流動站。

本專業(yè)從國家和地方對生物工程領(lǐng)域的人才需求出發(fā)，結(jié)合合肥工業(yè)大學(xué)在機電化工等方面的工科優(yōu)勢，經(jīng)過十多年的建設(shè)與發(fā)展，逐步形成了“生物科學(xué)基礎(chǔ)厚、工程實現(xiàn)能力強、校企科研結(jié)合好、學(xué)科支撐條件優(yōu)”的專業(yè)辦學(xué)特色和鮮明的學(xué)科工程化特色。